Florian war Offizier der römischen Armee und diente als Amtsvorsteher in der römischen Provinz Ufer-Noricum. Nach seiner Pensionierung, die womöglich erfolgte, da er sich als Christ bekannte, lebte er in Aelium Cetium, dem heutigen St. Pölten. Unter Diokletian kam es zu weitreichenden Christenverfolgungen (303-304) im Römischen Reich. Auch in Lauriacum, dem heutigen Lorch - einem Stadtteil von Enns - wurden 40 Christen ausgeforscht und im Auftrag des Statthalter Aqulinius festgenommen. Florian eilte den unter Martern Inhaftierten zu Hilfe, doch auch er wurde verhaftet, da er sich weigerte dem Christentum abzuschwören. Florian wurde der Überlieferung nach mit Knüppeln geschlagen, seine Schulterblätter mit geschärften Eisen gebrochen, schließlich wurde er zum Tode verurteilt und von einem jungen Mann mit einem Stein um den Hals von einer Brücke in die Enns gestoßen, nachdem sich andere Soldaten aus Ehrfurcht im Angesicht des betenden Florian geweigert hatten, das Todesurteil zu vollstrecken.
In der Nacht nach seiner Hinrichtung erschien Florian Valeria, einer frommen Frau, mit der Aufforderung, ihn zu bestatten, was diese auf ihrem Landgut tat. Über Florians Grab wurde zunächst wohl eine Holzkapelle errichtet. Im 8. Jahrhundert entstand über der vermutlichen Grabstätte das Augustiner Chorherrenstift St. Florian. Der Ort wurde im Hochmittelalter zum Wahlfahrtsort. Auch wenn Sankt Florian heute als Schutzpatron gegen die Gefahr des Feuers bekannt ist, wurde er ursprünglich gegen Wassergefahr angerufen, woraus sich das Feuer-Patronat entwickelt hat.
Der katholische Gedenktag des Heiligen Florian ist der 4. Mai. Seit 1971 ist er außerdem der erste Patron der Diözese Linz und neben dem Heiligen Leopold auch Landesheiliger von Oberösterreich.